[ 重要注意 ]
東海道・山陽・九州新幹線の「のぞみ号」「みずほ号」は、自由席・指定席ともに、ジャパンレールパスでは利用できません。「ひかり号」「さくら号」「こだま号」「つばめ号」をご利用ください。「のぞみ号」「みずほ号」を利用する場合は、運賃および特急料金、また、グリーン車を利用する場合は、グリーン料金を別途支払わなければなりません。また、東北新幹線 のグランクラスを利用する場合は、別途「特急料金」、「グランクラス料金」を支払わなければなりません。私鉄会社線を利用する場合は利用各区間分の運賃・料金を支払わなければなりません。
ジャパン・レール・パスでＪＲ線以外の私鉄会社線を直通運転する列車をご利用になる場合は、その会社線区間に必要な運賃・料金が必要です。列車内もしくは、当該会社線内の駅でお支払いください。 普通車（二等）はＪＲのほとんどの列車に、また、多くの長距離列車にはグリーン車（一等）が付いています。グリーン車用ジャパンレールパスではその両方が、また、普通 車用パスでは普通車のみが、それぞれ追加料金を支払うことなく利用できます。下の表をご覧ください。